Першим директором НДІ політичної регіоналістики з 2009 по 2013 роки був доктор історичних наук, професор Микола Вегеш.

З вересня 2013 року його очолює доктор наук з державного управління, професор кафедри політології і державного управління факультету суспільних наук УжНУ Маріан Токар.

Головним органом управління Інституту є Наукова рада (НР), яка визначає загальні напрямки його діяльності.

До її складу входять:

• Токар Маріан Юрійович, доктор наук з державного управління, професор (Голова НР);
• Асланов Стеллас Романович, доктор політичних наук, професор;
• Гайданка Євгеній Іванович, кандидат політичних наук, доцент;
• Остапець Юрій Олександрович, доктор політичних наук, професор;
• Зан Михайло Петрович, кандидат історичних наук, доцент;
• Червеняк Кристина Тарасівна, кандидат політичних наук (Секретар НР);
• Тополянський Сергій Іванович, пр. спец.

Діяльність НДІ політичної регіоналістики здійснюють Науково-дослідні відділи, які виконують головні науково-прикладні завдання, планові дослідні проекти, іншу роботу згідно з положенням про Інститут.

Науково-дослідні відділи:

• відділ управління регіональним розвитком (куратор Маріан Токар);
• відділ етнополітології (куратор Стеллас Асланов);
• відділ аналізу емпіричних показників політичного розвитку та демократичного транзиту (куратор Євгеній Гайданка);
• відділ моніторингу політичної ситуації та громадської думки (куратор Юрій Остапець).

Результати науково-дослідної роботи опрацьовує і подає у формі видавничого продукту Редакційно-видавничий відділ Інституту, який здійснює аналіз звітів науково-дослідної роботи й рекомендує до публічного висвітлення її результатів у вигляді наукових статей, брошур, монографій, проводить програмно-презентаційну підготовку наукових форумів та ін.

При Інституті діє видавнича серія «Studia Regionalistica», редколегія інформаційно-аналітичного журналу «Регіоналістика», а також формуються фонди Архіву-музею політичної історії Закарпаття, що має (за домовленістю) власну площу на просвітницько-пізнавальному порталі «заКарпатія» (www.zakarpatia.com).

Інформаційний супровід роботи Інституту здійснює і пізнавальна платформа про публічні сервіси та послуги в Україні «Вільний соціум» (https://free-society.org.ua/).

Редакційно-видавничий відділ:

•  Тополянський Сергій Іванович, пр. спец., т.в.н., (куратор відділу);
•  Токар Маріан Юрійович, доктор наук з державного управління, професор (керівник проекту «Studia Regionalistica»).

Функції здійснення інформаційного супроводу науково-дослідної, видавничої, публічної та іншої роботи покладено на Інформаційний відділ Інституту. До його компетенцій віднесено зв’язки із засобами масової інформації та підготовка й поширення інформаційних довідок щодо діяльності Інституту.

Інформаційний відділ:

• Токар Маріан Юрійович, доктор наук з державного управління, професор (куратор відділу);
• Червеняк Кристина Тарасівна, кандидат політичних наук (секретар).