Неоантигени раку: наслідки для імунної відповіді та імунотерапії раку.
Здатність ракових клітин викликати імунну відповідь залежить від декількох факторів, включаючи їх експресію неоантигенів. Недавній аналіз Ганнара Ратша з ETH Цюріха, департаменту комп'ютерних наук, Цюріха, Швейцарія та його колег з дослідницької мережі Atlas Genome Atlas, виявляє деякі підказки щодо таких питань, як кількість антигенів пухлинних клітин експресують або ж різні типи пухлин виражають однакові неоантигени. Дослідники опублікували свої висновки.
Імунотерапія в даний час є перспективним лікуванням для онкологічних хворих. Однак не всі типи раку підходять для цього типу лікування. Серед тих, хто демонструє потенційну користь від імунотерапії, отримання відповідних антигенів для цільової вакцини є суттєвою проблемою. Пухлинний специфічний сплайсинг представляє великий новий клас сплайсингу пов'язаних потенційних неоантигенов, які можуть впливати на імунну відповідь і можуть бути використані в імунотерапії.
Дослідники провели комплексний аналіз альтернативного сплайсингу на 32 типи раку (Atlas генома раку) у 8705 пацієнтів. Аналіз виявив альтернативні події сплайсингу та варіанти пухлин шляхом повторного аналізу даних секвенування РНК та цілого екзома.
Пухлини мають до 30% більше альтернативних подій сплайсингу, ніж звичайні. Асоціативний аналіз соматичних варіантів з альтернативними подіями сплайсингу підтвердив відомі транс-асоціації і ідентифікував додаткові транс-діючі варіанти.
Багато пухлини мають тисячі альтернативних подій сплайсингу, які не виявляються в нормальних зразках. У середньому, дослідники ідентифікували приблизно 930 екзон-екзонних переходів ("неоюнкций") в пухлинах, які типово не зустрічаються в нормалі генотипу-тканини (GTEx). Дані консорціуму з аналізу клінічного протеомічного пухлини для зразків пухлини молочної залози та яєчників підтвердили, що пептиди на одну пухлинну пробу, які також передбачають основні зв'язуючі комплекси гістокомподільності (I) неоантигени »).
Розглядаючи неоднофункціональні похідні, крім пептидів, отриманих з SNV, як потенційні антигени, частка зразків, для яких, принаймні, один передбачуваний неоантиген, може бути ідентифікована і підтверджена протеомікою мас-спектрометрії, збільшується з 30% до 75%.
У цьому дослідженні автори розглянули багато відмінностей альтернативного сплайсингу в раку в порівнянні з нормальними клітинами і припускають, що ці відмінності характерні для окремих типів раку і можуть бути використані для розробки імунотерапевтичних втручань, таких як Т-клітинна терапія рецептора химерного антигену або персоніфікована антитіла вакцини проти раку.
