Реалізуючи основні завдання, НДІ державно-конфесійного права та державно-церковних відносин:

• виконує фундаментальні та прикладні дослідження розвитку законодавства в галузі державно-конфесійного права та державно-церковних відносин;
• бере участь у підготовці загальнодержавних та регіональних програм;
• складає аналітичні iнформацiйнi огляди стану та тенденцій розвитку законодавства в галузі державно-конфесійного права, аналізує практику застосування цього законодавства i на цій підставі розробляє методики співпраці церков та релігійних організацій з органами державної влади;
• проводить наукові дослідження й на основі їх результатів розробляє пропозиції щодо вдосконалення.

Серед основних наукових здобутків НДІ варто відзначити такі:

Участь НДІ спільно з юридичним факультетом УжНУ у грантовому проєкті Міжнародного Вишеградського фонду ««Реєстрація церков та релігійних організацій» (1.04.2016 – 30.09.2029) у категорії «Культура та загальна ідентичність». Головною метою проєкту стало вивчення правових принципів, що регулюють правову основу реєстрації Церков та релігійних організацій у державах V4, а також у Австрії та Україні; досягнення необхідних знань та досвіду для порівняння систем та законодавчої бази у цій сфері; також сформулювати юридичні рішення de lege ferenda у Словаччині, орієнтовані на зміцнення демократії та узгодження юридичних положень.Партнерами-виконавцями у проєкті також виступили: Інститут правових питань релігійної свободи юридичного факультету Трнавського університету в Трнаві (Словаччина); Факультет права, канонічного права та адміністрації Люблінського Католицького Університету Івана Павла II (Польща); Юридичний факультет Університету Палацкего в Оломоуці (Чехія); Факультет права та юридичних наук Будапештського університету імені Лоранда Етвеша (Угорщина); Юридичний факультет Віденського університету (Австрія). Кординатором проєкту в Україні виступив директор НДІ державно-конфесійного права та державно-церковних відносин, доц. Олександр Білаш.

Сертифікатний курс «Державно-конфесійне право в країнах ЄС». НДІ державно-конфесійного права та державно-церковних відносин спільно з юридичним факультетом УжНУ та юридичним факультетом Трнавського університету в Трнаві (Словаччина) весною 2021 року був започаткований Сертифікатний курс «Державно-конфесійне право в країнах ЄС» для студентів 3 курсу навчання (спеціалізація «Адміністративне право») у рамках вивчення дисципліни «Державно-конфесійне право». Цей проект є щорічним та після успішного завершення програми курсу, студенти отримують відповідні Сертифікати про проходження курсу від юридичного факультету Трнавського університету в Трнаві (Інститут правових аспектів релігійної свободи) та юридичного факультету Ужгородського національного університету.

Співорганізація наукових конференцій. НДІ державно-конфесійного права та державно-церковних відносин активно виступає співорганізатором міжнародних наукових конференцій спільно з такими потужними міжнародними партнерами як Інститут правових аспектів релігійної свободи Трнавського університету в Трнаві (Словаччина), Міжнародний центр права та релігійних студій Школи права ім. Дж. Рубена Кларка Університету Брігама Янга (J. Reuben Clark Law School, Brigham Young University, USA), кафедра церковного публічного та конституційного права Факультету права, канонічного права та адміністрації Люблінського Католицького Університету Івана Павла II (Польща) та іншими. Серед Міжнародних наукових конференцій, співорганізатором яких виступив НДІ: «Іслам в Європі – правовий статус та фінансування ісламських релігійних організацій» (22-23.09.2016, м. Трнава, Словаччина), «Фінансування церков та релігійних організацій у компаративній перспективі» (4.05.2017, м. Трнава, Словаччина), ««Життя та благословенні труди преподобного Олексія (Кабалюка)», до 140-річчя від дня народження та 70-річчя від дня смерті православного святого Закарпаття» (4-5.10.2017, м. Ужгород), «Фінансування церков та релігійних організацій – історія та сучасність» (30.11.2017, м. Трнава, Словаччина), «Економічні аспекти державно-церковних відносин» (20-21.09.2018, м. Трнава, Словаччина), «Закарпаття та Афон: духовно-культурні зв’язки» (до 120-річчя від дня народження ієросхимонаха Аввакума (Вакарова)» (6-7.11.2019, м. Ужгород) та ряд інших.

Співробітники НДІ активно займаються науковою діяльністю, лише останніми роками ними були видані наступні монографічні та довідкові видання, що стосуються проблематики державно-конфесійного права: 

Білаш О.В. Кримінально-правова характеристика незаконних дій щодо релігійних споруд або святинь. Монографія; передм. : Є.Л. Стрельцов. Ужгород: Видавництво Олександри Гаркуші, 2015.  212 с. ISBN 978-617-531-134-9 

Міжнародно-правові акти про право на свободу совісті та віросповідання: хрестоматія. Упоряд. Олександр Білаш (Архімандрит Євфросин). Ужгород: Видавництво Олександри Гаркуші, 2015. 200 с. ISBN 978-617-531-133-2

Державно-конфесійне право: довідник захищених дисертацій на здобуття наукового ступеня кандидата і доктора юридичних наук в Україні (1991–2017 рр.). Упоряд. Білаш О. В. (архімандрит Євфросин). Ужгород: Видавництво Олександри Гаркуші, 2018. 260 с. ISBN 978-617-531-177-6