Кафедру дитячих хвороб було створено в січні 1950 року. Її першим завідувачем став доцент Я. З. Вайнер, випускник Одеського медичного інституту. Підготовка лікарів на той час здійснювалася на базах дитячих відділень обласної та міської лікарень. Асистентом кафедри понад 15 років працювала Н. П. Дзензелівська, також випускниця Одеського медичного інституту.

У 1959 році кафедру було реорганізовано: вона увійшла до складу кафедри гігієни як курс дитячих хвороб. У подальші роки структура неодноразово змінювалася. Так, у 1963 році курс передали кафедрі неврології, а вже у 1964 році його знову відновили, доповнивши навчальними дисциплінами з інфекційних хвороб, епідеміології та пропедевтики внутрішніх хвороб. Через рік, у 1965-му, курс дитячих хвороб увійшов до складу кафедри факультетської хірургії, а згодом був переданий кафедрі акушерства та гінекології.

У цей період курс очолювала кандидат медичних наук (згодом доктор медичних наук, професор) Л. К. Єфімова. У 1968 році курс об’єднали з кафедрою інфекційних хвороб та епідеміології. В наступні роки значно розширилася клінічна база для підготовки студентів: дитяча міська лікарня на 120 ліжок, дитяче інфекційне відділення на 40 ліжок, відділення новонароджених міських і обласних пологових будинків, а також дитяча міська консультація активно використовувалися для навчального процесу.

У 1981 році наказом Міністерства вищої та середньої освіти УРСР було створено кафедру дитячих хвороб із курсами патологічної анатомії та судової медицини, яку очолила професор Л. К. Єфімова. 

У 1997 році завідувачем кафедри дитячих хвороб з курсами реаніматології, патологічної анатомії та судової медицини став доцент В. М. Бора. Науковою проблематикою кафедри, на той час, є питання діагностики і лікування рецидивуючих та хронічних захворювань бронхо-легеневої системи у дітей, вивчення функціонального стану шлунково-кишкового тракту у дітей. В 1998-1999 рр. на кафедрі захищено 3 кандидатські дисертації асистентами Кучеруком В.В., Симуликом В.Д., Білаком В.М.  

З 2002 по 2025 рік кафедру очолювала доктор медичних наук, професор О. М. Горленко. Під її керівництва кафедра досягла значних успіхів у науковій та освітній діяльності. За цей період на кафедрі було успішно захищено 20 кандидатських дисертацій за спеціальностями педіатрія, гастроентерологія, ортопедія та травматологія, що свідчить про високий рівень наукових досліджень і підготовки молодих учених.

У 2023 році відповідно до рішення Вченої ради ДВНЗ «УжНУ» (протокол №2 від 23.02.2023 року) кафедру дитячих хвороб було перейменовано на кафедру педіатрії з дитячими інфекційними хворобами.

2025 року завідувачем кафедри став кандидат медичних наук, доцент А. І. Томей.

Наразі на кафедрі педіатрії з дитячими інфекційними хворобами працює високопрофесійний колектив, який складається з 1 доктора медичних наук, 12 кандидатів наук та 3 асистентів. Такий потужний кадровий склад забезпечує якісну підготовку фахівців у галузі педіатрії та сприяє подальшому розвитку педіатричної науки в Україні.